أصبح الصدر مصدر الهام روحي لأغلب اتباع المذهب الجعفري سواء كانوا عرب ام عجم على إثر ذلك هناك ظهر للشهيد الكثير من الأعداء الذين أثار حفيضتهم بعد أن أرجع المذهب الجعفري إلى مكانته الروحية في قلوب الناس، وفي يوم الجمعة الرابع من ذي القعدة الموافق التاسع عشر من شباط 1999 وبينما كان الصدر برفقة ولدية مؤمل ومصطفى في سيارته عائداً إلى منزله في الحنانة أحد مناطق النجف تعرض لملاحقة من قبل سيارة مجهوله فاصطدمت سيارته ميتسوبيشي بشجرة قريبة وحسب التقارير الطبية والشهود العيان ان المهاجمين ترجلوا من السيارة وأطلقوا النار على السيد الصدر ونجليه وتوفى إبنه مؤمل الصدر فورا اما السيد محمد محمد صادق الصدر فقد جاءته رصاصات عدة ولكنه بقي على قيد الحياة وعند نقله إلى المستشفى تم قتله برصاصة بالرأس من قبل محمد حمزة الزبيدي أما إبنه مصطفى أصيب بجروح ونقل إلى المستشفى من قبل الأهالي وتوفى هناك متأثراً بجراحه. في أعقاب مقتل السيد الصدر فقد شهدت مناطق جنوب العراق ومدينة صدام (مدينة الصدر حاليا) اضطرابات ونزاعات عسكرية سميت بانتفاضة الصدر 1999 حيث قامت مجاميع مسلحة بالهجوم على قوات الامن ومراكز الشرطة ومقرات حزب البعث في الجنوب
